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碳源 此时细菌利用氮元素变成矿化作用为主，将无机氮变成有机氮，并部份排向环境中。导致水体中，尤其是底部氨氮等有毒物质大量产生，一旦发生降温天气，表层水温低于底层水温，这个时候，表层水的密度大往下沉，底层水温高于表层水，密度轻，底层水往上冒，此时底层水中那些有毒物质就是会窜到上层水，一方面消耗上层水体中的氧气养殖生物缸氧，另一方面让对虾中毒甚至死亡。 这样的水体一方面可以通过改底，部份消除底部这些有毒成份；另外就是通过向水体里补充碳源，在高碳氮比的情况下，细菌利用氮元素的方式以吸收为主，即吸收有机氮 ，也吸收无机氮 ，从而改善了有毒氮化物的积累，改善了养殖环境
碳源 脱氮除磷工艺中，好氧前端的厌氧段活性污泥里的聚磷菌需满足释放磷的功能，好氧段活性物中的菌种可以过量地摄取磷。系统内通过不断的聚磷、释磷后，废水中的磷酸盐被活性污泥吸附形成富磷污泥，再通过剩余污泥排放达到减少污水中磷含量。 污水处理中生物除磷三个阶段，分别是除磷菌磷释放、除磷菌过量摄取磷、富磷污泥排放。 污水中的有机物（碳源）在厌氧条件下发酵成为挥发性脂肪酸（VFAs），可以转变为聚b-羟基丁酸，以聚b-羟基丁酸等有机颗粒的形式贮存于细胞内，以此同时就是降解聚磷酸盐过程中的磷酸排出体外
